W 2024 r., Muzeum realizuje projekt „Od patriotyzmu do bohaterstwa. Dziedzictwo sztuki wojennej”. Projekt objęty wsparciem w ramach Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności w ramach zadania Odpornośći konkurencyjność gospodarki, inwestycja A2.5.1; Program wspierania działalności i podmiotów sektora kultury i przemysłów kreatywnych na rzecz stymulowania ich rozwoju. 

Kwota dofinansowania: 53 000 zł. 

W 2022 r., Muzeum zrealizowało projekt „Dzieci – najmłodsze ofiary wojny. W 80. rocznicę wysiedleń ludności Zamojszczyzny”. Dofinansowano ze środków Muzeum Historii Polski i Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego w ramach programu "Patriotyzm Jutra". Kwota dofinansowania: 21 000 zł. 

W 2020 r., w ramach projektu "Wirtualizacja zasobów muzealnych w Muzeum Zamojskim" przeprowadzono wirtualizację zasobów muzealnych z wykorzystaniem najnowocześniejszych technologii prezentacji w celu uatrakcyjnienia sieciowej oferty muzealnej. Dofinansowano w ramach programu "Kultura w sieci" Narodowego Centrum Kultury i Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Kwota dofinansowania:  43 000 zł

W 2019 r., w ramach projektu "Zakup militariów z okresu międzywojennego" zakupiono dwa ciężkie karabiny maszynowe Browning wz. 30. Dofinansowano ze środków Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego pochodzących z Funduszu Promocji Kultury, kwota dofinansowania: 22 500 zł.